L'équipe "Évaluation & Suivi – Directives et Conservation" est constituée de naturalistes, spécialistes écologues dans le domaine de la conservation et la préservation de la biodiversité au niveau spécifique et écosystémique, avec des approches de recherche et développement.

Leur mission principale est de rapprocher les connaissances issues de la sphère scientifique aux besoins opérationnels des acteurs techniques qui œuvrent à leur préservation. Les méthodes d’évaluation proposées sont destinées en premier aux gestionnaires de sites Natura 2000 (ou autres gestionnaires d’espaces naturels) : il s’agit de proposer, tester et valider des protocoles de suivis pour évaluer l’état de conservation.

L'équipe intervient également dans la réflexion dans les projets de mise en relation des programmes de surveillance (art. 11), et dans des évaluations à plus large échelle en lien avec le rapportage art.17.

L’ensemble des évaluations réalisées (à travers les programmes des Directives natures, Liste rouge, Espèces Exotiques Envahissantes, Plans Nationaux d’Action etc.) répondent aux politiques publiques mises en place par les organismes tutelles (MTES, AFB) et par d'autres partenaires institutionnels ou de recherches tels que l'IRSTEA, AgroParistech, Cerema, des Universités, sociétés savantes, ou associations.