Vigie-Nature est un programme de sciences participatives copiloté par des associations, qui animent les réseaux d’observateurs, et le MNHN, qui assure la coordination et l’analyse des données récoltées. Une vingtaine d’observatoires couvrant divers groupes d’espèces ont été développés. Les méthodologies et protocoles de chaque observatoire s’adaptent à la fois aux contraintes du groupe étudié, mais également au public visé : les scolaires, les gestionnaires d’espaces naturels, les naturalistes et les agriculteurs. Ce programme permet d’étudier l’évolution des communautés d’espèces communes à l’échelle nationale en lien avec les facteurs environnementaux
A travers un réseau d'observatoires de la biodiversité s'intéressant au suivi des espèces communes (faune et flore) à l'échelle nationale, de très nombreuses données sur des espèces communes et abondantes sont ainsi récoltées. De ce fait, et bien que ce ne soit pas l'objectif initial de Vigie-Nature, ce programme participe naturellement à compléter les données d'inventaire qui sont parfois très lacunaires pour les espèces communes, souvent objet de moins d'attention que les espèces rares et pourtant essentielles au bon fonctionnement de la biodiversité. Les données à espèce récoltées dans le cadre de ces observatoires sont amenées à rejoindre l'inventaire national du patrimoine naturel dans le respect de la charte d'utilisation des données naturalistes de l'INPN.