Appuyer scientifiquement et techniquement la connaissance, le suivi des sites, des habitats et des espèces concernées par les directives européennes pour les milieux terrestres et marins.
Impliquée dans différents programmes européens et internationaux, PatriNat appuie scientifiquement et techniquement à différents niveaux la Directive européenne « Habitats Faune Flore » (DHFF), la Directive « Oiseaux » (DO), la Directive cadre Stratégie pour le milieu marin (DCSMM) et la Directive cadre sur l'eau (DCE). Ses travaux apportent l’expertise et le socle de connaissances sur la biodiversité nécessaires à la mise en œuvre des politiques européennes. Elle s'implique au niveau national dans la caractérisation des milieux, des habitats et des espèces visées par ces directives et dans la définition de leur bon état écologique. Elle produit des méthodologies scientifiques et des indicateurs afin de caractériser et suivre l'évolution de leur état de conservation qu'elle met à disposition des opérateurs et gestionnaires de sites. Elle assure la cohérence entre les travaux menés sur les différentes directives et participe aux rapportages pour la France à l'Europe des habitats et espèces visées, dont elle coordonne ceux pour la DHFF et la DO.