Depuis 1979, à la demande du Ministère chargé de l'Environnement, le SPN, puis UMS PatriNat organise et diffuse les données sur la faune et la flore de France métropolitaine et d'outre-mer dans le cadre de l’Inventaire national du Patrimoine naturel (INPN) et via l’édition d’atlas de répartition. Les inventaires nationaux sont des projets fédérateurs pour la communauté naturaliste et apportent une connaissance élémentaire et essentielle du patrimoine naturel. Les atlas, produits finis de la démarche d’inventaire, constituent une base indispensable pour définir la rareté relative des espèces, évaluer leur risque de disparition, définir des « hotspots » de biodiversité, définir et évaluer la pertinence des réseaux d’espaces protégés, modéliser les effets des changements climatiques, etc. Leur analyse permet d’évaluer l’état du patrimoine naturel et d'orienter les politiques de gestion de la nature, tant au niveau régional que national.
L’inventaire de la faune, de la flore et des habitats de France est l’une des missions majeures du SPN pour la métropole et l’outre-mer. Le travail de collecte de données est une tâche continue à laquelle de nombreux acteurs peuvent contribuer : organismes de recherche, associations, sociétés savantes, particuliers, etc. Mais d’autres programmes et travaux scientifiques participent aussi indirectement à cette collecte, comme certains inventaires d’espaces naturels ou des programmes spécifiques de connaissance (ATBI Mercantour, carHaB, carnet B, ABC, programmes de science participative, etc.).
- Au sein de l'UMS, les équipes Connaissance Espèces, Valorisation scientifique et Rapportages et Autorité scientifique CITES contribuent à ce programme.