Équipe SIB, GBIF, lien SI Recherche

L’équipe organise et pilote des systèmes d’information sur la biodiversité et la géodiversité, en France et à l’international.

À travers les différents projets qu’elle porte et qu’elle anime, l’équipe apporte un cadre cohérent et mutualisé à l’ensemble des acteurs qui contribuent à la production, la gestion, la validation scientifique et la diffusion de ces données. Elle veille en particulier à assurer la cohérence entre les systèmes pilotés au sein de l’équipe, notamment sur les enjeux de flux de données.

Elle organise également le montage de partenariats sur les questions de données et d’outils pour améliorer l’accès et la valorisation des données.

Elle accompagne les acteurs de la donnée sur la biodiversité et la géodiversité, les porteurs de politiques publiques et les chercheurs, via des formations et par la mise à disposition de ressources scientifiques et techniques qui facilitent l’organisation des processus de production, gestion et diffusion de données. Elle travaille également en appui à des projets portés par d’autres équipes de PatriNat et par des tutelles de l’unité.

Elle promeut l’ouverture générale, l’interopérabilité et la mise en qualité des données, notamment en développant des normes techniques (standards de données, données de références, guides méthodologiques) et aide à l’utilisation de ces normes. Elle pilote le développement d’applications informatiques apportant des services d’accès, de gestion, de diffusion et de valorisation des données.

Enfin, l’équipe assure la communication autour des projets qu’elle porte, auprès de ses réseaux d’acteurs et auprès d’un public plus large à travers la publication d’actualités et de lettres d’information, ainsi que de billets sur les réseaux sociaux.

• GBIF : Global Biodiversity Information Facility

Le GBIF (Système mondial d’information sur la biodiversité) – est un réseau mondial intergouvernemental et une infrastructure de données. Il a été fondé en 2001 à l’initiative de l’OCDE. Il a pour objectif principal l’accès libre et ouvert aux données de biodiversité afin de faciliter l’avancement de la recherche scientifique et l’appui aux politiques publiques.

Le GBIF est un acteur majeur de la science ouverte. Il développe des outils, logiciels et standards internationaux et encourage les bonnes pratiques pour mobiliser, gérer et publier des données de biodiversité. Ce qui favorise la découverte et la réutilisation de ces données et le suivi des publications qui en découlent.

Le point nodal GBIF France met à disposition des communautés scientifiques et décideurs politiques français les outils et services créés par le GBIF, et s’attache à promouvoir et soutenir, en lien avec les institutions, les données françaises et leur connexion au portail international. Il remonte également les besoins des communautés et décideurs au niveau international.

• PNDB : Pôle national de données de biodiversité

Le Pôle national de données de biodiversité (PNDB) est une infrastructure de recherche sur les données biodiversité inscrite depuis 2018 sur la feuille de route du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Les missions du PNDB s’inscrivent dans une approche FAIR (pour « Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables, Réutilisables ») et consistent à fournir un accès aux données brutes de biodiversité à travers des métadonnées détaillées, à promouvoir l’animation scientifique, à faciliter le partage des pratiques entre communautés de recherche et à favoriser la cohérence entre les initiatives nationales et internationales.

Le PNDB est porté par le Muséum national d’histoire naturelle, en lien étroit avec la FRB et plusieurs de ses institutions fondatrices (OFB, BRGM, CIRAD, CNRS, Ifremer, INERIS, INRA, IRD, IRSTEA, MNHN, Université de Montpellier).

• SIB : Système d’information sur la biodiversité 

Le Système d’information sur la biodiversité (SIB) est un dispositif qui fédère l’ensemble des données issues des 31 politiques publiques en lien avec les enjeux de la biodiversité, chacune étant identifiée à travers un système d’information qui lui est propre, appelé « système d’information métier ». On peut citer comme exemples le Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP), la Cites ou encore Natura 2000. Le SIB cherche à faire évoluer ces systèmes vers une cohérence commune, pour rendre les données plus accessibles et réutilisables par tous.

• EBV : variables essentielles de biodiversité

Le concept de Variables essentielles de biodiversité (EBV) a été créé en 2013 par le Group on Earth Observations Biodiversity Observation Network (GEO BON). Son but : harmoniser la caractérisation de la biodiversité à l’échelle mondiale. L’une de ses fonctions majeures : jouer un rôle déterminant à l’interface des programmes de suivi de la biodiversité et des décideurs politiques. Conscient de l’importance croissante des EBV, PatriNat s’est engagé à traiter cette question selon deux axes majeurs :

• Le développement du portail de données EBV du PNDB. Ce portail vise à opérationnaliser les workflows EBV selon le principe FAIR en utilisant Galaxy (https://data.pndb.fr/portals/FrenchEBVDataPortalfr) ;

• Le stockage, la diffusion et la visualisation d’EBV Entièrement Définies. Il s’agit d’EBV dont tous les paramètres (biologique, géographique, temporelle et statistique) sont fixés. Les cartes de distribution par probabilité de présence de Vigie-Chiro sur les chauves-souris métropolitaines en sont un bon exemple. En centralisant et bancarisant ces productions scientifiques, que l’on pourrait qualifier de synthèses, et en les mettant à disposition de tous, PatriNat tente de combler une lacune importante dans la disponibilité de données environnementales.

L’équipe est structurée autour d’une cellule (GBIF France) et de trois thématiques.

• Thomas BOUIX - Chef d’équipe

Cellule GBIF France

• Anne-Sophie ARCHAMBEAU - Coordinatrice

Thématiques :

• SIB
• Structuration données ADNe
• Animation données Outre-Mer