L’équipe « Écosystèmes et Réseaux » est en charge de la connaissance des habitats marins, terrestres et aquatiques continentaux de métropole et d’outre-mer, et s’investit en particulier dans la mise en place et la diffusion de leurs typologies et de leurs répartitions sur le territoire français. Elle veille à l’appui scientifique à la mise en œuvre de la trame verte et bleue (TVB) au niveau national et de ses potentielles trames complémentaires (ex : trame noire, trame brune, trame aérienne), mais également à certains de ses enjeux indirects (base de données « collisions »).
L’équipe anime et pilote également l’inventaire national des zones à fort enjeu écologique (ZNIEFF) et géologique (INPG), en lien étroit avec le ministère chargé de l'écologie et les régions de métropole et territoires d'outre-mer. Enfin, l’équipe s’appuie sur des compétences fortes en géomatique et développe de manière affirmée les revues systématiques pour mener à bien ses missions.